Atlante no pudo mantener la ventaja y se tuvo que conformar con el empate 1-1 ante Chivas de Guadalajara, en un partido de la fecha 13 del Clausura 2008, que se vio envuelto en polémicas decisiones  arbitrales. Ese fútbol vistoso y efectivo que ambas escuadras presumían al final de la campaña anterior, Chivas hasta hace algunas jornadas, nunca hizo su aparición durante un primer tiempo demasiado sordo y cortado, con escasas opciones de gol en ambas porterías.

Un once agresivo
Atlante tuvo que echar mano de lo que tiene, con un plantel limitado tuvo que enfrentar a un Guadalajara que tampoco puso en el escenario sus mejores piezas, pues Efraín Flores decidió darle descanso a gente como Ramón Morales, Gonzalo Pineda y Sergio Santana. El estratega tapatío buscó darle todavía más dinámica a su cuadro con gente como Sergio Ávila, quien era el que intentaba ponerle ése toque de talento, acompañado por Omar Arellano y Omar Bravo, quien buscaba el gol cien en su carrera. Chivas bien pudo abrir el marcador al minuto diez, sin embargo, Avila no aprovechó un gran contragolpe y con todo para definir de frente sacó un disparo que el guardameta argentino Federico Vilar con un manotazo mandó a tiro de esquina, en lo que fue la más jugada más importante del primer tiempo. Atlante se adelanta
La parte complementaria cambió de manera radical, fue más abierto en ambos lados y por consiguiente con un poco más de llegadas, la primera de ellas apenas al minuto 46 en un disparo de volea de Omar Esparza que se estrelló en la base del poste. Al minuto 55 se dio la primera jugada polémica, luego de que Francisco Javier Rodríguez, en un claro intento por cortar una acción de peligro de los azulgrana, se interpuso entre el delantero, por lo que el esférico fue a dar a las manos del arquero Luis Michel. Sin embargo, el árbitro Manuel Glower juzgó la acción como un intento de regresar el balón al portero, por lo que sancionó con tire libre indirecto dentro del área. Entre un mar de piernas que se encontraban en la línea de gol, Alan Zamora de manera muy inteligente retrasó el balón al argentino Javier Muñoz Mustafá que sacó un potente disparo para estremecer el fondo de las redes y adelantar a su equipo en el marcador, al minuto 56. 

El 'Rebaño', a la carga
Con el daño ya hecho, Efraín Flores se olvidó de dosificar el esfuerzo físico y ordenó los ingresos de Sergio Santana, Ramón Morales y Alberto Medina, para intentar cambiarle la cara a su equipo.  Atlante sabía muy bien lo que debía hacer con el gol a favor, por ello, el Profe Cruz intentó explotar el espacio largo y para eso metió al campo al venezolano Daniel Arismendi, quien tuvo en sus pies el segundo tanto, pero voló su disparo. A cinco minutos del final, los cambios le funcionaron a Flores, pues en una acción combinada entre el 'Venado' Medina y Santana quienes lograron la paridad en las acciones. Medina por derecha recibió un balón, alzó muy bien la mirada para meter un centro al corazón del área donde Santana le ganó el salto a Muñoz Mustafá para conectar un sólido remate que dejó sin oportunidad a Vilar, y así darle la igualada a Chivas que se declaró listo para el clásico nacional ante América la siguiente semana.

Crisis de los Potros
Un par de minutos después, el árbitro le anuló a Omar Bravo un legítimo gol por un inexitente fuera de juego, lo que hubiera siiganificado el triunfo para el 'Rebaño Sagrado' y el gol cien del seleccionado nacional con la camiseta de Chivas. Con este resultado el cuadro atlantista, que hiló ocho partidos sin ganar, llegó a 12 puntos en el Grupo Dos, en tanto que los tapatíos sumaron 26, lo que le mantiene en el liderato general y del tercer pelotón.